导弹行业内研制单位主要根据军方指令性规划牵引或者与军队签订采购合同组织科研生产，研发式或者订单式生产和交付都具有较强的计划性，产品销售数量和价格受市场供求关系波动影响较小，主要受我国国防现代化建设和军品定价机制的影响，行业市场化程度较低，自成体系、相对封闭。

我国军工实行“事业单位科研院所+军工生产企业”的特殊科研生产联合体经营模式，形成了科研院所主要负责技术预先研究、产品研制定型，军工厂主要负责批生产的国防工业产业布局。在总体和二级配套层次上，研究所与军工厂一般都是配对建设的，根据规模生产情况可以分为平行设立和行政隶属两类组织结构；相应地，总体单位包括总体研究院和总装军工厂，二级配套单位包括专业研究所和专业军工厂。三级配套单位在军工系统内也存在类似的经营模式，但是还有大量的零部件/原材料供应商并没用将科研和生产分离，同时负责军用零部件的定制研制和规模生产。

导弹科技工业领域存在较高进入壁垒，新竞争者加入的可能性较小，具有一定垄断性，竞争主要限于军工企业之间。导弹总体单位主要隶属于航天科技、航天科工、中航工业以及中国兵器等军工集团，其中航天科技和航天科工是我国导弹工业体系的绝对主力。针对不同类型导弹研制活动，军方为了保障保军能力和降低采购成本有意识地在同一个导弹细分领域培养至少两个的研制总体单位。

防空导弹研制的抓总单位航天科工二院、航天科工十院、航天新乐、航天科技入院，中国兵器206所，以及空空导弹研究院等，每个总体单位都在各自细分领域内与其他单位展开垄断竞争，其中产品种类最多、业务规模最大的当属航天科工二院。

航天科工二院，以系统总体技术、体系研究和系统集成技术为主导，是我国军队最大的区域防空导弹武器系统提供者，也是我国最大的空天防御导弹研制生产单位。二院的核心客户是空军，其明星产品是多系列、多型号的防空导弹武器系统，也为部队提供导弹、雷达、相关地面设备等配套产品。随着我国在远海护卫战略下海上作战力量体系的构建，二院的客户已经拓展到海军，近期列装的新型作战舰艇配套的防空导弹都将是航天科工二院未来业务增长的主要增量市场。

航天科工三院，在巡航导弹领域处于绝对优势地位，以第三总体设计部为核心下辖10个专业所，自1961年建立以后始终是我国巡航导弹发展事业的中坚力量。三院的科研生产模式是生产一代，研制一代，预研一代，探索一代的“四代”工作交叉并行推进，先后研制成功舰舰、岸舰、空舰等多系列、多型号反舰巡航导弹，其传统的核心客户是海军，但是随着对地攻击巡航导弹的研制并陆续服役，航天科工三院已经与火箭军和空军保持着紧密的客户关系。航天科工三院实际上已经在整个巡航导弹市场占据绝大多数的市场份额。

二级配套单位的科研生产模式主要是纵向任务和横向任务两大类。纵向任务一般是指下属配套单位接到的、来自上级单位的科研生产任务安排，军工集团系统内的总体单位按照国防和军队建设等重大战略部署，以型号研制为主要抓手，统筹安排，按配套层级分解科研生产任务至各下属企业、单位、组织研制具体型号的产品。在审价机制下，二级配套单位与上级总体单位签订研制任务合同，一般采取成本加成定价机制，军品销售价格由制造成本、期间费用和利润三部分组成，制造成本和期间费用构成军品定价成本，利润占比一般是军品销售价格的5%。横向任务一般是二级配套单位通过参与所属军工集团外的总体单位招投标而获得的研制任务订单。